微波殺菌時間短、速度快：微波殺菌是微波能與食品及其細菌等微生物直接相互作用，熱效應與非熱效應共同作用，達到快速升溫殺菌作用，處理時間大大縮短，各種物料的殺菌作用一般在3-5分鐘。微波殺菌屬于低溫殺菌，與常規(guī)熱力殺菌比較，在比較低的溫度和較短的時間就能獲得所需的消毒殺菌效果。一般殺菌溫度在75-80℃就能達到效果，所以能夠保持食品的營養(yǎng)成份和傳統(tǒng)風味。

但微波加熱具有選擇性，即使在相同的微波場中，不同的食品材料都存在溫升的差異，造成加熱不均勻；微波殺菌不適用于金屬容器和鍍鋁或鋁復合袋的食品。微波殺菌適用于要求殺菌溫度低殺菌時間短的產(chǎn)品，可對已包裝、未包裝的不同物品進行滅菌加工處理，